torstaina, joulukuuta 21, 2017

Femman MyDogDna-passi

Teimme Elonkerjuun-kennelin kasvattajan Marita Jääskän kanssa kymmenen koiran MyDogDna-tilauksen yhdessä, kun silloin se on edullisempi. Otatin silloin kuudesta koirasta MyDogDna-passin. Ensimmäinen eli Femman (Doniol High Five To Jangas) tuli jo noin kuukausi sitten, muut ovat vielä työn alla. Femma on tarkoitus astuttaa seuraavasta juoksusta, jonka oletetaan alkavan noin kuukauden päästä.

Femman kohdalla tuloksissa eniten jännitti se, onko se FN-munuaissairauden kantaja. Isänsä Piko (Jangas Field Fennel) nimittäin kantaa geenivirhettä, mutta emä Brittituonti Glanffrwd Rachel Wall ei. Jotta koira sairastuisi tähän aikanaan cockerspanieleilla todettuun sairauten tulisi sen saada kaksi geenivirheellistä alleelia eli kummankin vanhemman tulisi olla kantajia. Sairaus johtaa sairaan koiran kuolemaan. Sairautta kantaa 11,5 % tutkituista waleseista. Toinen walesinspringereillä  geenitestattava sairaus on lievä verenvuototauti, jota kantaa peräti 22 % tutkituista waleseista, mutta itse sairaus vaikuttaa olevan varsin lievä. Femma ei kanna kumpaakaan näistä sairauksista, mikä tarkoittaa sitä, ettei sen sulhasta tarvitse tutkia ennen astutusta. Femman pennut eivät siis voi sairastua näihin sairauksiin.

Tuloksista löytyy myös perimän terveysindeksi, joka on eräänlainen terveysindeksi, joka oli Femmalla varsin korkea eli 103.

Perimän terveysindeksi (Genetic Health Index, GHI) kuvaa koiran perimän terveyttä testattujen perinnöllisten sairauksien sekä mitatun perimän monimuotoisuuden pohjalta.

Keskiverto koira saa indeksiksi 100, ja indeksin arvo on sitä suurempi, mitä geneettisesti terveempi koira on. Perinnölliset sairaudet ja tavanomaista suurempi samaperimäisyys laskevat perimän terveysindeksiä. Koirasi GHI-arvo ei ole vakio, vaan se muuttuu testattujen koirien määrä kasvaessa. Perimän terveysindeksi muuttuu rotukohtaiseksi vasta kun rodun edustajista on testattu riittävän suuri otanta. (Lähde: Genoscoper)


Terveysindeksi ei siis suoranaisesti kerro mitään, mutta antaa hieman osviittaa siitä, että perimän ollessa monimuotoinen, on sairauksien riski hieman pienempi.  Toinen hieman vastaava indikaattori on perimänlaajuinen monimuotoisuus, jonka mediaani testatuilla puhdasrotuisilla koirilla on 33,8 %, sekarotuisilla 43,3 % ja walesinspringereillä 31,8 %. Femman monimuotoisuus oli 32,9 % eli hieman rodun mediaania parempi.




Perimänlaajuinen monimuotoisuus 

Testi mittaa koirasi monimuotoisuuden useasta tuhannesta perimän kohdasta. Monimuotoisuus lasketaan niiden kohtien perusteella, joissa koirasi on heterotsygootti, ts. kohdista, joissa se on perinyt erilaisen alleelin sekä emän että isän puolelta.

Monimuotoisuuskuvaaja näyttää koirasi (sininen rengas) perimän monimuotoisuuden suhteessa rotuun, roturyhmään sekä kaikkiin tietokannan koiriin. Mitä enemmän rodussa on testattuja koiria, sitä paremmin kuvaaja kertoo rodun jalostuspohjan tilanteesta. (Lähde: Genoscoper)

Näiden lisäksi voidaan tarkastella perinnöllisisä eroavaisuuksia rodun sisällä erillisestä kuvaajasta. Kuvaaja on kolmiulotteinen eikä se kaksiulotteisena anna kokonaan oikeaa kuvaa. Femma erottuu aavistukseen isommasta rykelmästä omien kasvattieni suuntaan. Kuvaajassa on suuri rykelmä keskellä, johon suurin osa tutkituista waleseista osuu,  ja siitä hieman kauempana ovat neljä "haaraa": yhdessä omia kasvattejani, toisessa Elonkerjuun-, kolmannessa Milfeddyg- ja neljännessä Twitters-kasvatteja.


Perinnölliset eroavaisuudet

Jokainen MyDogDNA-tietokannan koira näkyy kuvaajassa yhtenä pallona. Sininen rengas kuvaa sinun koirasi sijainnin. Kuvaajasta voi nähdä, miten samanlaisia tai erilaisia yksilöiden perimät ovat rodun sisällä tai miten lähellä muut roturyhmän koirat geneettisesti ovat oman koirasi rotua.

Koirien (pallojen) etäisyydet kuvaavat yksilöiden perimien erilaisuutta. Koirat, joiden perimä on hyvin samankaltainen ryhmittyvät lähekkäin. Ryhmittymistä voi olla joskus vaikeaa havaita.

Testattujen koirien lukumäärän kasvaessa, perimän eroavaisuudet -kuvaajasta on mahdollista päätellä, onko rodun sisälle syntynyt eriperimäisiä linjaisuuksia (esim. maantieteelliset tai eriävien käyttötarkoituksen aiheuttamat perimän eroavaisuudet). Esimerkiksi, yksilöt, jotka ovat syntyneet roturisteytyksien seurauksena, esiintyisivät kuvaajassa selkeästi muista erillään.
(Lähde: Genoscoper)

Femman tulokset ovat julkiset, joten ne löytyvät seuraavasta linkistä:
https://www.mydogdna.com/crm/index.html#en/animals/870026276259/pass/relationships
En saa näköjään suoraa linkkiä toimimaan, mutta tulokset löytyvät ainakin hakemalla Rodut - walesinspringerspanieli -perinnöllinen monimuotoisuus ja sieltä Doniol High Five To Jangas-palloa näpäyttämällä pääsee Femman tuloksiin.

Aina välillä minulta kysytään, miksi haluan teettää geenitestejä ja miksi olen sitä mieltä, että kantajia tulisi käyttää ihan siinä missä muitakin. Tärkeintä olisikin tietää, ketkä ovat kantajia ja käyttää niille vain tutkitusti normaaleja, jotta sairaita koiria ei turhaan syntyisi. Geenitestissä normaalille voi käyttääkin sitten ketä tahansa. Munuaisen vajaatoiminta on kuolemaan johtava sairaus, mutta samalla kyseessä on geenitestillä helposti löydettävä geenivirhe. Waleseilla on myös PNP-munuaissairautta, johon ei ole geenitestiä. Kummatkin ovat harvinaisia, mutta toinen on äärettömän helposti vastutettavissa.

 Geenitesteissä monimuotoisuus on lähinnä mielenkiintoinen lisä, joka kertoo olenko onnistunut perimän monimuotoisuuden tavoittelussa perinteisin keinoin eli pitämällä sukusiitosasteen pienenä. Useimmiten näin käy, muttei suinkaan aina. J-pentueeni sukusiitosaste kahdeksalta polvelta on vain 0,77 %. Kuitenkin pentujen terveysindeksit ovat vain 92 ja 95, perimän monimuotoisuudet heikoimpia kasvateistani eli 29,4 % ja 31,2 %. Kummatkin saivat vielä huonot kortit perimän sattumankaupassa ja sairastavat epilepsiaa. Toisaalta taas G-pentueessani on Jangas-pentueeksi tavallista korkeampi sukusiitosaste eli 1,55 % (vaikka sekin rotumme tasolla on hyvin pieni) ja niistä tutkitulla Viimalla on kaikista kasvateistani korkein terveysindeksi 104 ja perimän monimuotoisuus 35,3 %, joka on siis parempi kuin kaikkien puhdasrotuisten mediaani. Toivottavasti joskus tulevaisuudessa geenitestit auttaisivat myös perimän monimuotoisuuden tavoittelussa, mutta sen vain aika näyttää. Ehkä myös roturisteytyksistä tulee aiempaa helpompi tapa lisätä rodun monimuotoisuutta ja parantaa samalla myös esim. luonne- ja käyttöominaisuuksia.

Ei kommentteja: